肠道菌群被称为“第二大脑”，其与中枢神经系统的双向沟通通道即为“肠-脑轴”。肠道微生物通过产生神经活性物质（如约90%的血清素、50%的多巴胺在肠道合成或受其调控）、影响免疫系统、分泌代谢产物（如短链脂肪酸）以及通过迷走神经等多种途径，深刻影响大脑功能、情绪和行为。研究发现，特定的菌群紊乱与焦虑、抑郁、自闭症谱系障碍和神经退行性疾病相关。在动物实验中，将抑郁个体的肠道菌群移植给无菌小鼠，会导致小鼠出现抑郁样行为。这可能部分解释了为何饮食、益生菌或粪菌移植能够对某些精神心理疾病产生调节作用。健康、多样化的饮食是维持良好肠道生态、进而维护心理健康的重要基础。
